微波殺菌設備主要有高溫熱力殺菌(120℃殺菌)、蒸汽殺菌、蒸煮殺菌鍋、微波殺菌設備、輻照殺菌等。按殺菌機械種類分為：水浴式殺菌鍋、噴淋式殺菌鍋、紫外線殺菌器、臭氧殺菌器、巴氏殺菌、瞬時滅菌機這幾大類別。外界污染食品在加工過程中受到除自身原料、半成品以外的微生物污染，如水中細菌污染，空氣中細菌二次污染，員工手部、設備、容器、工具、周轉箱等二次交叉感染，包裝材料被污染等。

　　微波殺菌是一種先進的殺菌方式，這是一種由相應電源的微小發生器、波導管理連接器和處理室組成的微波混合系統，它能夠以極其微小的溫度差異，對巴氏菌進行處理。采用這種混合系統，可以使微波的能量均勻地分布在被處理食品上，加熱72~85℃，并保持數分鐘，然后放入溫度只有15℃的貯藏室。該技術適用于已經包裝的面包片、果醬、香腸和鍋餅等食品，經處理的食品保質期可達6個月以上。

　　微波殺菌是在微波的熱效應和非熱效應的雙重作用下進行的，相比常規的溫度殺菌能在較低的溫度和很短的時間內獲得滿意的殺菌作用。一般的殺菌溫度在80℃左右，處理時間在3~5分鐘，且能保持其營養成分。 同時微波殺菌操作方便。微波功率和傳送帶速度均可無級調節，不存在熱慣性，可即開即停，簡單易控，后還可以改善生產環境。微波設備無余熱輻射、無粉塵、無噪音、無污染，易于實現食品衛生的檢測標準。微波殺菌屬于低溫殺菌、營養成分損失少。微波殺菌是在微波的熱效應和非熱效應的雙重作用下進行的，相比常規的溫度殺菌能在較低的溫度和很短的時間內獲得滿意的殺菌作用。