微波可用于對保健食品進行殺菌、干燥、加熱、滅酶、殺蟲等。在保健食品加工過程中使用微波殺菌設備，具有多方面的優點：

　　1.有利于環保。目前，仍有不少中小企業使用燃煤方式取得熱源，以對保健食品加熱和殺菌，這會產生較多的煙塵和廢渣、污染環境。而使用微波殺菌設備，沒有煙塵等有害物質的排放，故有利于環保。

　　2.可很好保存食品原有的良好風味。由于微波具有穿透性和加熱快速的特點，對保健食品干燥的時間僅為常規干燥的十至幾十分之一，因此，產品中的許多揮發性物質的損失較小，天然色素受破壞的程度也較小。

　　3.微波殺菌設備可有效保存保健食品的良好色澤。有些保健食品中的酶會促使某些成分和氧氣發生反應，使保健食品的顏色變深而不美觀;而微波具有滅酶作用，能阻止酶促褐變的發生，從而較好地保持食品的美好色澤。

　　4.能有效保存保健食品中的營養成分。微波加熱具有速度快、時間短的特點，對保健食品中的一些熱敏性物質如維生素、不飽和脂肪酸、抗氧化物等營養保健成分的破壞程度較小。

　　5.微波殺菌設備可有效節約能源。保健食品企業規模化使用微波設備對保健食品進行干燥和殺菌，可比常規干燥法節約60%的能源，能降低保健食品的生產成本、提高產品的競爭力。

　　6.有利于保健食品衛生質量的保障。微波具有穿透性，對細菌等微生物具有很強的殺滅能力，可有效提高食品的衛生質量。

　　7.微波殺菌設備可促進保健食品的出口。有些出口型保健食品企業用輻照方式對產品進行殺菌，雖然能夠取得較好的殺菌效果，但由于產品中含有輻照殘留物質，這些保健食品不能順利出口或被明令禁止進入某些國家。而使用微波殺菌，不存在輻照殘留問題，可促進保健食品的出口。

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