微波殺菌設備保持營養成分和傳統風味：微波殺菌是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46%-50%，而微波處理是60%-90%;常規加熱豬肝維生素A保持率為58%，而微波加熱為84%。

節約能源：常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用，因而沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可節電30%-50%。

均勻：常規熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間。往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波肯有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以消毒殺菌均勻。

便于控制：微波干操殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調，傳輸速度從零開始連續可調，便于操作。

設備簡單，工藝先進：與常規方法相比，微波設備不需要鍋爐、復雜的管道系統，煤場和運輸車輛，只要具備水，電基本條件即可。

改善勞動條件，節省占地面積：設備的工作環境低、噪音小，極大地改善了勞動條件，整套微波殺菌設備的操作只需2-3人。

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